A ideia do Núcleo de Estudos Transdisciplinares em Educação Básica (NEB) nasceu junto com a proposta de criação do Programa de Pós-Graduação em Currículo e Gestão da Escola Básica (PPEB), sendo prevista na proposta original daquele Programa, reconhecido pela CAPES-MEC em 22/07/2014.
Depois, durante o I Seminário de Educação Básica do Pará, realizado nos dois dias 28 e 29 de maio de 2015, coordenado pelo PPEB e organizado pelos grupos de pesquisa que sustentam a proposta do NEB, em colaboração com a União Nacional de dirigentes Municipais de Educação (UNDIME), teve sua criação recomendada na plenária final desse evento.
Em 30/08/2016 foi encaminhado ao Magnífico Reitor da Universidade Federal do Pará, Prof. Dr. Horácio Schneider, a Exposição de Motivos que detalhava a proposta de criação deste Núcleo, bem como o Regimento do Núcleo de Estudos Transdisciplinares em Educação Básica, a ata de reunião do Colegiado do Núcleo aprovando a referida proposta e os Termos de Compromisso assumidos pelos docentes a ele vinculados comprometendo-se a destinar parte de sua carga horária ao ensino de graduação de cursos vinculados às suas unidades originárias.
Até o dia 04/09/2017 a proposta de criação do NEB tramitou em instâncias internas da unidade acadêmica de origem da maioria dos docentes que iriam compor o NEB, o Instituto de Ciências da Educação (ICED), ao mesmo tempo em que o processo era apreciado pela Câmara de Legislação e Normas do Conselho Universitário (CONSUN), que o aprovou por unanimidade, reconhecendo que não havia impedimento legal ou administrativo que impedisse a criação do Núcleo. A sua criação se efetivou com a aprovação pelo CONSUN no dia 03 de novembro de 2017, em sessão que durou cerca de quatro horas, sendo registrados, ao final, quarenta e três votos favoráveis e onze contrários. A criação do NEB foi oficializada depois por meio da Resolução 765, de 3 de novembro de 2017.
Sua primeira direção foi empossada em 9 de março de 2018 e era composta pelos professores Ronaldo Lima (Diretor Geral) e Genylton Rocha (Diretor Adjunto), cujas primeiras medidas disseram respeito à elaboração coletiva de resoluções acerca de diferentes aspectos da vida institucional, de modo a regulamentar seu funcionamento enquanto unidade acadêmica.
Contando com apenas uma subunidade acadêmica (Programa de Pós-Graduação em Currículo e Gestão da Escola Básica – PPEB) a gestão do NEB enfrentou o desafio de cumprir as suas finalidades em uma conjuntura nacional de restrição orçamentária para a educação pública, em particular para a educação superior o que impôs uma excessiva racionalização de recursos e infraestrutura disponíveis. Do ponto de vista institucional, mesmo contando com o apoio recebido pela administração superior da Universidade Federal do Pará, as dificuldades orçamentárias dificultaram o trabalho de gestão, exigindo de toda sua equipe de servidores criatividade e solidariedade para o bom cumprimento de seu papel institucional.
Do ponto de vista administrativo — como já mencionado — durante o primeiro ano de gestão foram definidas rotinas acadêmicas e administrativas, além da organização dos espaços físicos de modo assegurar condições minimamente adequadas para o trabalho de docentes, técnicos e discentes do Núcleo.
Em 2019, os trabalhos continuaram com a intensificação das atividades acadêmicas do Núcleo e sua consolidação no plano da produção científica e no âmbito da sociedade civil — por meio do recebimento de inúmeros convites por parte de entidades científicas e de classe para que nossos docentes pudessem contribuir com seus estudos nos debates então propostos. Por outro lado, novos alunos se integravam aos projetos de ensino, pesquisa e extensão em execução pelos grupos de pesquisa vinculados ao NEB. Em meados deste ano, pelo fato de ter sido convidado pela administração superior da UFPA para assumir a Superintendência de Assistência Estudantil (SAEST), o Diretor Geral Ronaldo Lima renunciou ao cargo, razão pela qual o professor Genylton Rocha passou a ocupar o cargo de Diretor Geral do Núcleo e o professor Alberto Damasceno foi indicado unanimemente como o novo Diretor Adjunto interino.
Também em 2019, após a aprovação da proposta do Doutorado em Educação na Amazônia pela CAPES, o NEB passava a ter mais uma unidade acadêmica, o Programa de Pós-Graduação em Educação na Amazônia (PGEDA) que realizou seu primeiro processo seletivo no mesmo ano.
No segundo semestre o NEB teve seu Regimento Geral aprovado pelo CONSUN e ocorreu a eleição da segunda gestão do Núcleo, tendo sido eleitos os professores Genylton Rocha e Alberto Damasceno como Diretor Geral e diretor Adjunto, respectivamente e cuja posse ocorreu em 31 de janeiro de 2020.
No início de 2020, quando o planeta assistia estarrecido à expansão do coronavírus (COVID-19), o NEB realizou seu planejamento institucional no mês de fevereiro e sua subunidade PPEB procedeu à efetivação de algumas defesas e qualificações de dissertações previstas para o mês de março.
Entretanto, em 19 de março, a UFPA, com base nas avaliações de seus especialistas suspendeu as atividades acadêmicas e administrativas presenciais, que passariam a ser programadas e realizadas remotamente, por meio da tecnologia disponível.
Apesar da imposição do isolamento, sendo fiel ao cumprimento de sua função social, o NEB programou, junto com entidades da sociedade civil, eventos remotos para a discussão de temas referentes aos grandes desafios que a educação em geral e a escola em particular atravessavam.